为进一步规范和加强国家重点实验室的建设和运行管理，2008年8月29日，科技部、财政部联合发布了《国家重点实验室建设与运行管理办法》。

    国家重点实验室计划从1984年开始组织实施，近年得到了快速发展，现有国家重点实验室220个，固定人员1万余人，仪器设备总值80多亿元。在统筹部署、适度新建、定期评估、择优支持、动态管理等创新制度的推动下，国家重点实验室已经成为我国组织开展高水平基础研究和前沿技术研究、聚集和培养优秀科学家、开展学术交流的重要基地，在科学前沿探索和解决国家重大需求问题方面均做出了突出贡献。原来的《国家重点实验室建设与管理暂行办法》（2002年）已执行六年，得到了科技界的广泛认同，对规范国家重点实验室的建设和运行管理发挥了重要作用。

    《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》明确指出，“加强国家重点实验室建设，不断提高其运行和管理的整体水平。”为贯彻落实十七大精神和《规划纲要》，进一步加强国家重点实验室建设，国家从2008年起设立了国家（重点）实验室专项经费，从开放运行、自主选题研究和科研仪器设备更新三方面，加大国家重点实验室稳定支持的力度。设立专项经费有利于营造宽容失败、摒弃浮躁、潜心研究的科研环境，是国家重点实验室又好又快发展的重要保障，标志着国家重点实验室进入了新的发展阶段。专项经费的设立对国家重点实验室的管理提出了新的要求，为适应新的形势，在总结国家重点实验室计划组织实施经验的基础上，科技部联合财政部对原管理办法进行了修订，并多次征求有关部门和国家重点实验室代表的意见，修订工作历时近一年。

    新的《国家重点实验室建设与运行管理办法》主要修订内容包括：第一，明确提出中央财政设立专项经费，支持国家重点实验室开放运行、科研仪器设备更新和自主创新研究。第二，针对专项经费的支持范畴，明确了自主研究课题、访问学者制度、科研仪器设备更新和自主研制等内容的程序、要求和办法；第三，提出实验室的建设、运行和发展要坚持稳定支持、动态调整和定期评估的原则，并提出相应措施；第四，进一步加强对实验室的日常管理，增加年度计划和总结、对部分实验室抽查等内容，建立运行管理中的“预警机制”；第五，进一步强化对学术委员会的要求，确保学术委员会发挥作用；第六，进一步强化依托单位职责，明确依托单位应优先支持实验室发展。新的管理办法还强调国家重点实验室设备共享、数据共享、科学普及、成果转化、与企业合作等内容。

    科技部、财政部还将联合制定发布《国家重点实验室专项经费管理办法》，规范专项经费的管理，提高资金使用效率。